メディアタイプ を「 application/xhtml+xml 」にしたことによって、 Firefox と Safari で body の margin 部分に body の背景色が乗らなくなっていました。余白を margin から padding にかえることで回避しました。
でも、よく考えると margin 部分には背景色が描画されないのが正解であって、むしろ今までの方がおかしかったのではないか、とか思って調べてみると。
しかし，HTML文書の場合, 文書作成者がHTML要素ではなくてBODY要素に関して背景を指定することを推奨する。利用者エージェントは, 次の優先規則を遵守して，背景を埋めることが望ましい。HTML要素に関する'background'特性の値が'transparent'ではない場合は，その値を使用し，それ以外の場合は，BODY要素に対する'background'特性の値を使用する。その結果の値が'transparent'となる場合は, レンダリングは定義されない。
おそらく、この仕様が XHTML のメディアタイプになったことにより適用されなくなったんでしょう。