ググってみたものの、あまり情報ないですね。需要ないんでしょうか。改行の自動変換をオフにしようなんて考えているの私だけ？
コアのスクリプトをいじるか、プラグインを作るしかないでしょうか。コアのスクリプトをいじる方法は、アップグレードしたときに元に戻ってしまいますので、プラグインの方がいいんでしょうね。
まあ問題が出るのは、ブロック要素を包括しているときの ins 要素と del 要素だけだと思うので、それさえ直れば別に改行の自動変換機能がオンでもいいかなぁ...
この問題以外は WordPress なかなか気に入っているので、この問題が解決できたら Movable Type 4 からこっちに移行しようとも思っています。