テンプレート（テーマ）のいじりやすさは PHP の WP より、独自タグの MT の方がいいかな。 PHP なテンプレートの WP は、ちょっと見づらい。
でも、PHP なら、MT の独自タグみたいに改行でスカスカになる心配はないのがいいですね。
自由度は PHP な WP の方が確実に上だろうけど・・・。